מקור מצוות הספירה הוא בספר ויקרא: "וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת, מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה – שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה. עַד מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת תִּסְפְּרוּ חֲמִשִּׁים יוֹם, וְהִקְרַבְתֶּם מִנְחָה חֲדָשָׁה לַה'." (ספר ויקרא, פרק כ"ג, פסוקים ט"ו-ט"ז)

וכן בספר דברים: "שִׁבְעָה שָׁבֻעֹת, תִּסְפָּר-לָךְ: מֵהָחֵל חֶרְמֵשׁ בַּקָּמָה, תָּחֵל לִסְפֹּר שִׁבְעָה שָׁבֻעוֹת. וְעָשִׂיתָ חַג שָׁבֻעוֹת לַה' אֱלֹהֶיךָ, מִסַּת נִדְבַת יָדְךָ אֲשֶׁר תִּתֵּן, כַּאֲשֶׁר יְבָרֶכְךָ ה' אֱלֹהֶיךָ." (ספר דברים, פרק ט"ז, פסוקים ט'-י')