"כי יקרא קן צפור לפניך בדרך" וגו' (דברים כב,ו). 'האומר: על קן צפור יגיעו רחמיך … משתקין אותו' (משנה; ברכות ה,ג). 'על קן צפור וכו' … וטעמייהו דוקא בתפלה, שכשאומר בתפלה מחליט הדבר ולהכי משתקין אותו, מה שאין כן דרך דרש או פשט. וכן בגמ': ההוא דנחית וכו', ואמר וכו', כלומר שהיה יורד לפני התיבה משתקין. כתב הר"ב שעושה מצותיו של הקב"ה רחמים וכו'. לשון הרמב"ם: ואין הדבר כן, שאילו היה מדרך רחמנות לא צוה לשחוט חיה או עוף כלל, אבל היא מצוה מקובלת אין לה טעם, ע"כ. כלומר זו המצוה וא"נ כיוצא בה. וז"ל בפ"ט מהלכות תפלה: [שמצות] אלו גזירות וכו'. אעפ"י שבספר המורה חלק ג' פרק מ"ח נראה שהוציא זו המשנה מהלכה, ודאתיא כמ"ד אין טעם לשום מצוה' (תויו"ט). 'וכן אסר לשחוט אותו ואת בנו ביום אחד, להשמר ולהרחיק לשחוט משניהם, הבן לעיני האם, כי צער בעלי חיים בזה גדול מאד, אין הפרש בין צער האדם עליו וצער שאר בעלי חיים; כי אהבת האם ורחמיה על הולד אינו נמשך אחר השכל רק אחר פועל הכח המדמה הנמצא ברוב בעלי חיים כמו שנמצא באדם. … וזה הטעם גם כן בשילוח הקן, כי הביצים אשר שכבה האם עליהם והאפרוחים הצריכים לאמם על הרוב אינם ראויים לאכילה, וכשישלח האם ותלך לה לא תצטער בראות לקיחת הבנים. ועל הרוב יהיה סיבה להניח הכל כי מה שהיה לוקח ברוב הפעמים אינו ראוי לאכילה. ואם אלו הצערים הנפשיים חסה התורה עליהם בבהמות ובעופות, כל שכן בבני האדם כולם. ולא תקשה עלי באמרם ז"ל: "האומר על קן צפור יגיעו רחמיך וגומר" - כי הוא לפי אחת משני הדעות אשר זכרנום - רצוני לומר דעת מי שחושב שאין טעם לתורה אלא הרצון לבד, ואנחנו נמשכנו אחר הדעת השני' (מורה נבוכים ג,מח). 'מי שאמר בתחנונים: מי שריחם על קן ציפור שלא ליקח האם על הבנים, או שלא לשחוט אותו ואת בנו ביום אחד ירחם עלינו, וכיוצא בענין זה, משתקין אותו; מפני שמצות אלו גזרת הכתוב הן ואינן רחמים, שאילו היו מפני רחמים לא היה מתיר לנו שחיטה כל עיקר' (רמב"ם; הל' תפילה ט,ז). לכאורה הרמב"ם סותר את עצמו, שמצד אחד אומר במורה נבוכים שטעם שילוח הקן הוא משום רחמים, ומסביר שהוא סובר כדעה שיש טעמים לתורה, ולכן אין זה כמו הדעה של המשתיקים את האומר שמצוות שילוח הקן זה מצד רחמים, שזה לפי הדעה שאין טעמים לתורה אלא הכל גזרות. ואילו בהל' תפילה פוסק שמשתיקים אותו כיון שהמצווה היא גזרת ה' ולא רחמים, כך שכן סובר כדעה הזו? מסביר התויו"ט שיש הבדל בין הנאמר כלימוד לבין אמירה בתפילה. וכן הרחיב הרב זצ"ל (בעולת ראי"ה בסוף ההקדמה. וראה בהרחבה על מצוות שילוח הקן בספר 'בשערי הארץ', 'שילוח הקן וטעמי מצוות', למרן גדול הדור הרה"ג חיים דרוקמן זצוק"ל זיע"א). אלא שלכאורה אם יש לחלק בין תפילה ללימוד, אז למה אמר הרמב"ם שהוא סובר כדעה שיש טעם למצוות, יכל בפשטות לומר שתפילה זה דין אחר, שהרי זהו טעמו ולא לומר שזו דעה אחרת שלא סובר כמותה? כמו"כ מדוע הרמב"ם מסביר בהלכות שהטעם של רחמים אינו תקף, הרי גם אם לא היו בו כלל בעיות עדיין אין לאמרו בתפילה? (אמנם בתויו"ט לא הביא את דבריו כתשובה לסתירה ברמב"ם, כך שלכאורה לא בא לומר בדבריו שההבדל בין לימוד לתפילה זו התשובה לסתירה ברמב"ם.) לכן נראה הסבר אחר, שאולי אפשר לומר שמחלק הרמב"ם בין המורה נבוכים שמיועד להבנה פילוסופית של התורה וגילויה, שמיועד לאנשים שדורשים טעמים ולא מוכנים לקבל סתם כך בלי טעמים, ולכן בזה פירש ע"פ הדעה שיש טעמים בתורה ואנו יכולים לעמוד עליהם ולקבוע על פיהם. אבל בהלכה אמר את דבריו ע"פ הדעה שאנו לא יכולים לקבוע מהו הטעם אלא זה גזרת הקב"ה, שבהלכה יש ללכת בדרך ישרה ותמימה אחר ה', ולכן לא לחפש טעמים עמוקים ומפולפלים ולקבוע על פיהם דברים, ולכן כיון שבפשטות יש קושיא על טעם של הרחמים, אז יש להתייחס לזה בפשטות שאין זה הטעם, ולכן גם לא לומר זאת בתפילה. או אולי בהלכה מביא את דעת מסורת ההלכה שהועברה מדור דור, ולכן אע"פ שהוא עצמו סובר כדעה שיש טעמים ויכולים לעמוד עליהם, כמו שמסביר במורה נבוכים, בכ"ז כשמביא בהלכה אז מביא כמו שהועברה מסורת ההלכה מדורות קודמים, שנקבע ע"פ הדעה שאין טעמים בתורה. ואע"פ שבהלכה כך הועברה המסורת אין זה מונע מעיסוקו בטעמי התורה במורה נבוכים כיון שזה עיוני ולא הלכתי ולכן אינו חייב לקבוע ע"פ מה שנקבע בהלכה, אלא יכול ללכת ע"פ הדעה השניה, ובפרט שגם היא קיימת, שלא נדחתה לגמרי מההלכה. או שסובר הרמב"ם שיש להבדיל בין חכמים גדולים, שלהם ראוי להתעסק בפלפול וטעמי התורה, כדי לעשות בצורה מעולה וחשובה, אולם לא כל אחד יכול להגיע למעלה זו, ולכן כשמדבר בהלכה שזה מיועד לכלל ישראל, שזה כולל גם את האנשים הפשוטים, אז בזה מביא ע"פ הדעה שאין טעמים בתורה, שכך ראוי לאנשים הפשוטים לקיים, שלא יסתבכו ויבואו לנפילה בחיבורם לתורה, ואילו האנשים המחוכמים הם ילמדו במורה נבוכים ויבינו יותר לעומק; וכיון שאין זה סותר בצד ההלכתי, כיון שע"פ שתי הדעות להלכה אין לומר בתפילה 'על קן ציפור יגיעו רחמיך', כיון שגם לדעה שיש טעמים בתורה, וטעם שילוח הקן הוא מטעם רחמים, בכ"ז יש גם טעם של מטיל קנאה במעשה בראשית, ולכן למעשה אין לומר על קן ציפור גם לדעה זו, לכן לא ראה בזה הרמב"ם סתירה והביא כל מקום ע”פ הראוי לו כהבנת האנשים שילמדו בו (שבהבנת רוב האנשים יש סתירה משחיטה לטעם הרחמים, ולכן כיון שאינם יכולים להתעמק כ”ך אז ישארו בראייתם כסתירה, ולכן אצלם יש לראות זאת כגזרת הכתוב). אולי אפשר שהרמב"ם סובר שגם לדעה שטעמו של שילוח הקן הוא מצד רחמים, בכ"ז אי אפשר להעמיד אך ורק ע"פ הטעם של רחמים, שהרי אם טעם הרחמים היה עניין שקובע לגמרי אז לא היה צריך הקב"ה להתיר גם שחיטה, שהרי ברור שגם בזה יש פגיעה במידת הרחמים. אלא ודאי שה' קבע גזרות אלא שבהם יש גם חלק של טעמים שמובנים לנו, וראוי לדעת אותם בכדי לתת למצוות נופך הגיוני. לכן במורה נבוכים כשמדבר על טעמי המצוות אומר את הטעם של מידת הרחמים, שכך ראוי להבין בטעמי המצוות, ויש חלק כזה שמתגלה בעינים שלנו במצוות שילוח הקן; ואילו בהלכה מביא את ההלכה שבה נאסר לומר על קן ציפור יגיעו רחמיך, כיון שבזה נשמע כאילו המצווה הזו חלה בשל גילוי רחמים, וזה עיוות של המצווה שסיבתה זהו גזרת הקב"ה, גזרת הכתוב, שהרי ע"פ טעם הרחמים לא מובן למה צריך שילוח הקן ומצד שני מותר לשחוט, אלא שכך קבע הקב"ה, אלא שיש בה עניין שמתגלה לנו כמידת הרחמים, ולכן ראוי לעמוד על כך כאחיזה כל שהיא במצווה אע"פ שאין זה הטעם המרכזי והעיקרי אלא רק גילוי כל שהוא. אלא שאם כך אז למה מתרץ הרמב"ם במורה נבוכים שהוא סובר כדעה שיש טעמים ובמשתיקים אותו זה כדעה שאין טעמים? אולי אין כוונתו שעצם ההלכה קשה עליו, אלא שיש המסבירים שמה שנאמר בהלכה של האומר על קן ציפור שמשתיקים אותו, זה בא לומר שאין למצוא כלל טעם בתורה, על זה אומר שאכן יש דעה כזו, שזה כסברה שאין טעמים לתורה, אולם הוא סובר כדעה שיש טעמים בתורה, ובשיטה זו מנסים ללמוד בכל דבר טעם גם אם הוא איננו האמת המוחלטת אלא גילוי כל שהוא, שראוי למצוא תפיסה בטעמי התורה, אמנם כאן היא חסרה מאוד שהרי זה נסתר מדין שחיטה, אולם בכ"ז נראה בזה הגיון מצד עצמו, ולכן ראוי ללמוד כך; אמנם בתפילה אין לומר כך כיון שאין זה מסתדר ולכן ברור שהטעם האמיתי הוא מצד גזרת הקב"ה.