ספר הזוהר מיוחס לרשב"י, אמנם היו שפקפקו בכך כיון שלא הכירו את הזוהר עד ימי רבי משה די לאון שהוא זה שפרסמו, ולכן היו שטענו שהוא זה שכתב את הספר, אולם מקובלנו שבוודאות זהו ספרו של רשב"י. על הטעם מדוע רק בימי רבי משה די לאון הזוהר התגלה, הביא מרן גדול הדור הרה"ג חיים דרוקמן זצוק"ל זיע"א את הסברו של ר' משה צייטלין הי"ד שהסביר שזה בשל עליית הנוצרים בספרד שרדפו את ישראל, ונתנו להם אפשרות או להתנצר או לההרג, ולכן כיון שהיתה צרה גדולה ביותר ליהודים ששברה את רוחם, הגיע הזמן שיתגלה ספר הזוהר כדי שיעודד את רוחם. רשב"י התעלה בהיותו במערה כמו שמסופר: 'דיתבי רבי יהודה ורבי יוסי ורבי שמעון, ויתיב יהודה בן גרים גבייהו. פתח ר' יהודה ואמר: כמה נאים מעשיהן של אומה זו, תקנו שווקים תקנו גשרים תקנו מרחצאות. ר' יוסי שתק. נענה רשב"י ואמר: כל מה שתקנו לא תקנו אלא לצורך עצמן, תקנו שווקין להושיב בהן זונות, מרחצאות לעדן בהן עצמן, גשרים ליטול מהן מכס. הלך יהודה בן גרים וסיפר דבריהם ונשמעו למלכות. אמרו: יהודה שעילה יתעלה, יוסי ששתק יגלה לציפורי, שמעון שגינה יהרג. אזל הוא ובריה טשו בי מדרשא, כל יומא הוה מייתי להו דביתהו ריפתא וכוזא דמיא וכרכי. כי תקיף גזירתא, א"ל לבריה: נשים דעתן קלה עליהן, דילמא מצערי לה ומגליא לן. אזלו טשו במערתא. איתרחיש ניסא איברי להו חרובא ועינא דמיא; והוו משלחי מנייהו והוו יתבי עד צוארייהו בחלא. כולי יומא גרסי, בעידן צלויי לבשו מיכסו ומצלו, והדר משלחי מנייהו כי היכי דלא ליבלו. איתבו תריסר שני במערתא. אתא אליהו וקם אפיתחא דמערתא, אמר: מאן לודעיה לבר יוחי דמית קיסר ובטיל גזירתיה? נפקו, חזו אינשי דקא כרבי וזרעי, אמר: מניחין חיי עולם ועוסקין בחיי שעה?! כל מקום שנותנין עיניהן מיד נשרף. יצתה בת קול ואמרה להם: להחריב עולמי יצאתם?! חיזרו למערתכם. הדור אזול איתיבו תריסר ירחי שתא; אמרי: משפט רשעים בגיהנם י"ב חדש. יצתה בת קול ואמרה: צאו ממערתכם. נפקו. כל היכא דהוה מחי ר' אלעזר הוה מסי ר"ש. אמר לו: בני, די לעולם אני ואתה. בהדי פניא דמעלי שבתא חזו ההוא סבא דהוה נקיט תרי מדאני אסא ורהיט בין השמשות. אמרו ליה: הני למה לך? אמר להו: לכבוד שבת. ותיסגי לך בחד? חד כנגד (שמות כ, ז) "זכור" וחד כנגד (דברים ה, יא) "שמור". א"ל לבריה: חזי כמה חביבין מצות על ישראל; יתיב דעתייהו. שמע ר' פנחס בן יאיר חתניה ונפק לאפיה, עייליה לבי בניה. הוה קא אריך ליה לבישריה, חזי דהוה ביה פילי בגופיה. הוה קא בכי וקא נתרו דמעת עיניה וקמצוחא ליה. א"ל: אוי לי שראיתיך בכך. א"ל: אשריך שראיתני בכך, שאילמלא לא ראיתני בכך לא מצאת בי כך. דמעיקרא כי הוה מקשי ר"ש בן יוחי קושיא הוה מפרק ליה ר' פנחס בן יאיר תריסר פירוקי, לסוף כי הוה מקשי ר"פ בן יאיר קושיא הוה מפרק ליה רשב"י עשרין וארבעה פירוקי' (שבת לג,ב). הרי שרשב"י אמר לרפב"י שהתעלותו בתורה נעשתה בעקבות היותו במערה (ולכן משם זכה להתעלות וללמוד ולחבר את ספר הזוהר), ורשב"י ברח למערה בשל גזרת הרומאים, שזה כרמז שבעתיד יתגלה ספרו – ספר הזוהר כשהנוצרים יעלו לשלטון, שלזה נרמז שברח מפני הרומאים שהמשכם זהו השלטון הנוצרי (שבהמשך מלכות רומא התנצרה, ולכן מייצגת את שלטון הנצרות בעולם), שרצו להרגו כמו שהנוצרים רצו להרוג כל מי שלא יתנצר (ומי שיתנצר זהו כמודה למעשיהם, כעין מה שרשב"י התנגד לקבל את מעשיהם, שקבע שכל מעשיהם זה לרעה, ולא הסכים לראות במעשיהם שום חיוב). רשב"י הגיע למערה ושם למדו בהסתר עד שיצאו, שזהו כעין הזוהר שהיה נסתר עד שהתגלה בעולם. ושמו רבי שמעון בר יוחי, כרמז שתורתו הגדולה תתגלה בזמן שיצטרכו לשמוע כדי להתעודד לחיים, מול המוות שהנוצרים הטילו עליהם; שזהו 'שמעון' מלשון שמיעה, שישמעו ובכך 'יוחי' אותיות 'וחיי' – ויקבלו חיים (או אותיות 'יחיו'). אולי זהו רמז: 'אתא אליהו וקם אפיתחא דמערתא, אמר: מאן לודעיה לבר יוחי דמית קיסר ובטיל גזירתיה?', שאליהו החיה את בן הצרפתית (מלכים א יז,יז-כד), ונאמר בסוף: “ותאמר האשה אל אליהו עתה זה ידעתי כי איש אלקים אתה ודבר ה' בפיך אמת" (שם,כד), כרמז כאן נגד הנוצרים, שטענו שהאיש שלהם הוא שמביא את דבר ה', כאן יתגלה מי מביא באמת את דבר ה'; שזה ע"י התחזקות בתורת הרשב"י, ולכן אליהו הוא זה שאמר מי יודיע לרשב"י שהגזרה בטלה, כרמז שעל ידו תתבטל כח השפעת הגזרה של הנוצרים, שלא תשפיע ליאוש, אלא יקבלו חיות, שזהו להודיע 'לבר יוחי', לבן חיים, שיקבלו מזה חיים (בר – בן, כרמז לתוצאה, כמו שמתבטאים במילה בן כביטוי לתוצאה של דבר, שכך החיים זהו התוצאה מתורתו שתתגלה בעולם [כמו שיצא מהמערה ולימד בעולם את מה שלמד בסתר], שהתוצאה תהיה הבאת חיים, שכך יהיה בזמן התגלות הזוהר בעולם, שהתגלה להביא כח חיים נגד הקשיים של גזרות הנוצרים), ובכך תתבטל כח הגזרות, כמו שאליהו אמר (לרשב"י) שיצא וזה קשור לביטול הגזרה (שהקיסר מת ובטלה הגזרה להרגו). כשרשב"י היה במערה נעשה נס וצמח לו חרוב, כרמז שתורתו תתגלה בזמן של חורבן (חרוב, כרמז שחרב הטוב שהיה עד אז בספרד, חרב ונמחק מהמציאות תור הזהב של ספרד; וזה בעקבות עליית הנוצרים שזהו רמז בעץ שהם עובדים לצלב מעץ ומביאים חורבן לעולם), ותורתו זהו תורת הסוד, שלכן זה מתגלה בצמח ובמעיין מים, כרמז לתורת הסוד, שמסופר על הארבעה נכנסו לתורת הסוד: 'ת"ר: ארבעה נכנסו בפרדס, ואלו הן: בן עזאי, ובן זומא, אחר ורבי עקיבא. אמר להם ר"ע: כשאתם מגיעין אצל אבני שיש טהור אל תאמרו מים מים' וכו' (חגיגה יד,ב); לכן מתגלה בחרוב כרמז לפרדס, ומעיין מים כרמז למראה מים שיש בשיש טהור ('שיש טהור – מבהיק כמים צלולין' [רש"י]). [אולי גם כרמז שבן עזאי ובן זומא שמם הפרטי היה שמעון, ושניהם לא שרדו בהצלחה את המפגש עם הסודות, ואילו רשב"י הצליח, ולכן בשמו מתגלה גם השם שמעון, אבל 'בן יוחי', כרמז לחיים, שמתגלה אצלו שנשאר בחיים שלמים כראוי, שלא כאותם שני החכמים בשם שמעון שנקראים ע"ש אביהם ולא יצאו בחיים שלמים מהמפגש עם תורת הסוד (וזה רשב”י ובנו, שהם שנים, כעין שבן עזאי ובן זומא הם שנים, ונקראים ע”ש אביהם כעין שכבודם מכח אביהם, כרמז שר”א בא בעקבות אביו למערה וכך למדו יחד והתעלו)]. נראה שנרמז על תורת הסוד אצל רשב"י ובנו (שרשב"י למד במערה עם בנו), שלכן אמר על עצמו ובנו שרואים פני שכינה באספקלריא המאירה בלא צורך לקבל רשות, שהם מעטים ביותר עד כדי כך ש'אם שנים הן, אני ובני הן' (סוכה מה,ב), הרי שהוא ובנו קשורים לראיית השכינה בגדלות ביותר, שזה רומז על היותם קשורים לתורת הסוד שלכן הגיעו לדרגה שכזו בחיבור ברור וחזק לשכינה. אולי זה נרמז שראייתם את פני השכינה מתגלה באנשים מועטים ביותר, שזה קשור לתורת הסוד, כעין שנאמר 'אין דורשין … ולא במרכבה ביחיד, אלא אם כן היה חכם ומבין מדעתו' (משנה; חגיגה ב,א). ' … מעשה מרכבה הוא שעל ידי הזכרת שמות של קדושה משתמשים בכתר, וצופין איך משמרות המלאכים במעמדן, ואיך היכל לפנים מהיכל, כעין הסוכין ברוח הקודש. ביחיד אלא אם כן היה חכם ומבין מדעתו - אפילו לאדם אחד אין דורשין במרכבה, אלא אם כן מכיר בו הרב שהוא חכם, שאם ימסור לו ראשי פרקים – יהיה הוא מבין השאר מדעתו' (ברטנורא). שכך למדו רשב"י ובנו במערה והתעמקו בסוד. נאמר על ספר הזוהר שהוא קשור לגאולה, שבזכותו יגאלו ברחמים: 'וּבְגִין דַּעֲתִידִין יִשְׂרָאֵל לְמִטְעַם מֵאִילָנָא דְּחַיִּי, דְּאִיהוּ הַאי סֵפֶר הַזֹּהַר, יִפְּקוּן בֵּיהּ מִן גָּלוּתָא בְּרַחֲמֵי' (זוהר “נשא” קכד,ב [ויש הוצאות שמופיע בדף קכו,א]), אולי זה רמוז בסיפור שכשיצאו מהמערה ראו אדם שכיבד את השבת בשתי חבילות הדסים כנגד זכור ושמור, שזה כרמז לגאולה ברחמים, שההדסים הם כדי להריח ריח טוב ('תרי מדאני – חבילות של הדס להריח בשבת' [רש"י]), שזה כרמז לנחמה מהגלות, שהריח משיב דעתו של האדם מהיגון (ברכות נז,ב), והם שתי חבילות לכבוד שבת, כרמז לגילוי שמירת שבת (שיש בה מלאכות רבות, ולכן כעין מתגלה בחבילה שיש בה כמה הדסים) בשתי שבתות (שזהו שלקח שתי חבילות), שזה מביא את הגאולה (כמו שאומר רשב”י): 'אמר רבי יוחנן משום רבי שמעון בן יוחי: אלמלי משמרין ישראל שתי שבתות כהלכתן מיד נגאלים, שנא' (ישעיהו נו, ד) "כה אמר ה' לסריסים אשר ישמרו את שבתותי", וכתיב בתריה "והביאותים אל הר קדשי" וגו'' (שבת קיח,ב), שזהו גאולה ברחמים (שזהו גאולה בגילוי של זכות גדולה, ולכן נעשה ברחמים). וזה התגלה בצמחים (הדסים) שגדלו בארץ כרמז לגאולה: 'ואמר רבי אבא: אין לך קץ מגולה מזה שנאמר (יחזקאל לו, ח) "ואתם הרי ישראל ענפכם תתנו ופריכם תשאו לעמי ישראל" וגו'' (סנהדרין צח,א). שזה התגלה כשרשב"י יצא מהמערה, כעין רמז שמתגלה לעולם (שלא נשאר נסתר במערה) ומימלא מתגלה תורתו, שכך כשמתגלה תורתו זה מביא לגאולה ברחמים.